Согласно решению суда, до февраля 2029 г. - срока погашения судимости - Квачкову необходимо раз в месяц отмечаться в отделении полиции.
Кроме того, судья Мария Артемьева запретила ему посещаться места проведения массовых мероприятий и участвовать в них.
В середине августа Тверской суд Москвы оштрафовал Квачкова на 40 000 руб., признав его виновным в правонарушении по ст. 20.3.3 КоАП РФ (публичные действия, направленные на дискредитацию использования Вооруженных сил Российской Федерации). Старший научный сотрудник Центра военно-стратегических исследований Минобороны Владимир Квачков был впервые арестован 19 марта 2005 г. Его обвинили в подготовке покушения на тогдашнего главу РАО «ЕЭС России» Анатолия Чубайса. Квачков и другие фигуранты этого дела были оправданы присяжными. За незаконное преследование полковник отсудил у Минфина 450 000 руб. Законность этого решения Верховный суд подтвердил 22 декабря 2010 г.
Но уже на следующий день, 23 декабря, Квачков был вновь арестован по новому, возбужденному в тот же день делу – о содействии терроризму и попытке организовать вооруженный мятеж. В расследовании участвовала ФСБ, а делу был присвоен гриф «секретно».
Выступая в судебных прениях, Квачков пояснил, что народ имеет «право на восстание против тирании и угнетения». Это, по его словам, закреплено в подписанной СССР и ее правоприемницей Российской Федерацией Всеобщей декларации прав человека. Обвиняемый описал сложившуюся, по его мнению, в России систему угнетения. Он отметил, что после поражения СССР в «холодной войне» «власть в стране захватила иудо-масонская элита», которая продает национальные богатства и разваливает армию. «Идеи свободы и демократии развеялись в 1993 году вместе с дымом от горящего парламента, — заявил офицер. — Революция только кажется невозможной. Первая группа революционеров всегда небольшая, но состоит из твердо убежденных людей». Судья не раз прерывал Квачкова в связи с его резкими высказываниями в адрес высокопоставленных чиновников (например, он употреблял выражение «Гельминт Гельминтович Путин») и оскорблениями евреев (по словам полковника, две тысячи лет назад сатана создал «генно-модифицированную нацию», которая теперь захватила власть в России). Последнее слово Квачкова было коротким и повторяло все те же тезисы о тирании и «еврейской оккупации», против которой «рано или поздно поднимутся коренные народы России». «С богом! Честь имею!» — прибавил полковник в конце выступления.
8 февраля 2013 г. Мосгорсуд признал Квачкова виновным и приговорил к 13 годам колонии строгого режима. Верховный суд снизил ему наказание до восьми лет. «Народное ополчение Минина и Пожарского», которое ранее возглавлял Квачков, было признано террористическим и запрещено в России. По версии ФСБ, целью движения был захват власти. В августе 2017 г. Приволжский окружной военный суд приговорил Квачкова дополнительно еще к полутора годам колонии строгого режима, признав его виновным в возбуждении ненависти. Причиной стало видеообращение, которое Квачков записал в мордовской колонии в 2015 г. В феврале 2019 г. Квачков досрочно вышел на свободу по УДО.
Отсидев 6 лет за «Гельминт Гельминтовича», Квачков снова стал активно участвовать в общественно-политической жизни страны и публично высказывать резкие суждения о существующей олигархической власти в России.